Ich würde mal sagen, du stellst das Programm einfach in dein cgi-bin, ob das jetzt auf .exe, .cgi oder .wasweißich endet ist eigentlich schnuppe, da alle Dateien im cgi-bin sowieso ausgeführt werden. Wichtig ist eben, daß du das Programm auch für den Server kompiliert hast (also auf nem UNIX-Server kannst du nix mit ner WinDOS-.exe anfangen und umgekehrt)
In der HTML-Datei rufst du das Programm dann entweder per Link / Formular auf ("/cgi-bin/programm.exe") oder baust es gleich in die HMTL-Seite ein mit <!-- exec cgi="/cgi-bin/programm.exe" -->
OK, wenn du dann dein HTML ausgibst muß die allererste Ausgabe sein "Content-type: text/html\n\n", sonst kriegst du bloß nen internal Server Error. Die Eingabe aus den Formularen müßtest du aus der Standardeingabe auslesen können, würde bei C dann aber eher eine umständlichere Sache werden, also wenn du was größeres mit Formularen vorhast solltest du lieber Perl oder PHP nehmen.