Hallo,
Atlassian betreibt ein eigenes Repository (BitBucket). Daher wird dies sicher bei Jira bevorzugt. Alternativ kenne ich noch ActiveCollab sowie Comindware Project. ActiveCollab bietet - soweit ich weiß - GitHub-Integration an und bei Comindware ist es via API möglich, aber es ist nicht Out-of-the-Box.
Kristian