AAStylus

THX. wrd ich dann mal Posten :-)

Hi, ehrlichgesagt nicht viel da ich nicht weiss wie ich die sache angehen soll. Hab nicht wirklich eine Vorgehensweise bzw Algorithmus nach dem ich mich richten sollte. Ich denk ich müsste erstmal mit einer Match anweisung die Zeilen suchen wo kein > am anfang steht bzw die die mit einem ACTG beginnen und bis zum nächsten leerzeichen andauern, das wäre dann die sequenz. Nur wie pack ich dann jeden einzelnen Buchstaben in einen Array? Und wie rufe ich die verkehrt herrum auf? Müsste ich nicht dafür für jede Sequenz vorher dafür sorgen das ich die genaue länge weiss für $_array[länge der Sequenz] oder kann man das irgendwie dynamischer mach in dem ich mit z.B $L=lenght... die länge für jede einzelne Sequenz ermittle und diese dann (z.B for (my $i=; 1 <= $L, i++ )[$i] einsetze... Wie gesagt bin anf#nger und mache das erst seit ein paar tagen.. Also bitte ich um Geduld mit mir :-) PS: Die von mir angegebene Sequenz oben beinhaltet leerzeichen. Ist aber nur ein Bsp. die eigentliche Sequenz hat aber keine! MFG AA

Hi, habe ein kleines Problem, hoffe bin richtig hier. Versuch mich seit kurzem in Perl einzuarbeiten. Nun wollte ich ein kleines Programm schreiben das aus einer angegebenen Textdatei die einzelnen Buchstaben (der text ist eine zeichenfolge ohne leerzeichen - DNA SEQUENZ) in einem Array speichert und diese dann in umgekehrter Reihenfolge wieder ausgibt. hab mir gedacht ich lese das ganze mit dem FILEHANDLE ein und suche dann in jeder Zeile nach einem A C T oder G (Nucleotidbasen)am Anfang, falls vorhanden soll er diese Zeilen nehmen da die Buchstaben einzeln speichern. Zum verständniss hier ein auszug aus der textdatei: Sequence 1771 BP; 527 A; 321 C; 423 G; 500 T; 0 other; gatcctgaca tgattttgaa attaaagatg ccgtttcaat cccagtaatg gcaaaagcaa gaattggcca ctttgtagaa gctcaggttt tagaatcaat tggcgtagat atgattgatg aaagtgaagt tttaacgcct gctgacgaaa taaaccacat aaataaaaaa gcatttacag caccatttgt ttgtggtgca agaaacttgg gcgaagcgtt aagaagaatt gatgaaggcg cagcaatgat aaggacaaaa ggcgaagctg gaactggaaa cgttgtagag gcagtaaaac aagctgaact tgttcaaatg gcaagaaacg aattaaaagt tccaatggaa ataatattgg aagttgcaaa attaaaaaga cttccagttg taaattttgc ggcaggaggc attgcaacac ctgctgatgc agcattaatg atgcaaatgg gctgtgatgg tgtatttgtt ggttcgggaa tttttaagtc gggaaatcct gaaatacggg caaaagcaat tgtagaggca acttataatt ttgataaacc agaattaatc ggggaagtaa gtaaaaattt aggggaagca atggttggaa taaatataga ccagattcct gaagaaatgc tccttgcaaa aagaggaatt taaattttta aactttaaat ttatttactt ttaaaatttt ttaaaacaaa tttttagatg ctaccgaaaa ctttatatat tataacacta gtattcagta tgcgaacaaa ttgcctcggt ggctcagcct ggtagagcgc ctgacttgta atcaggtggt cgggggttcg aatccccccc gaggcttgag ttacctttaa aagaggaaaa actcgttaaa aagggcctgt ggggtagcct ggtccatcct ttgggatttg ggatcctgag accccagttc aaatctgggc aggcccacca ttatttcccc gcgatagttc agattggtag aacggcggac tgtagatccg catgtcgctg gttcaaatcc ggctcgcggg atttaaatat cccctcatgg gcccgtagct tagtctggta gagcgcctga cttttaatca ggcggtcgag ggttcgaatc ccttcgggcc cgttcaaaac attaaatacg tttaggtatt gttttgatac ggcggtcata gcgggggtgt aacatccgat cccatcccga tctcggaaat taagccctcc agcgattcct taagtactgc tatctagtgg gaacaaggtg acgctgccga tcacttttta ttccaaatgc cctggtggtg tagctcggcc tatcatacag gactgtcact cctgtgactc gggttcaaat cccggccagg gcgctttgcg tcttttaaat aataaataat cagtattttg aaaaagccgt tatgggcccg tagcttagtc tggtagagcg cctgactttt aatcaggcgg tcgagggttc gaatcccttc gggcccgcta attttcgtat attaaaaatg ccctggtggt gtagctcggc ctatcataca ggactgtcac tcctgtgact cgggttcaaa tcccggccag ggcgcttttt tattttatgg aatgctaatt catatattta aatgtttatg tgaaaaaaat ggctaaagat ggcgaagtat tcaacttgat ttttgaaaga gggaattttt taaaaaatgt tattttaagc t Kurz: die Überschrift soll er auslassen und ab der zeile die keinen > am anfang hat soll er die Buchstaben abspeichern und in umgekehrter folge ausgeben. Ich weiss das es einfacher geht den text einfach als ganzes zu reversen aber das hat einen anderen Sinn für später... Hoffe ich habe halbwegs klarmachen können was ich meine :-s GRUSS AA