Ok, habe mich net ganz deutlich ausgedrückt, das merke grad auch.
Ja, es ist Perl und das mit den Zuweisungsoperatoren is mir auch aufgefallen aber war zu faul das nochmal zu editieren, a es nur um das grundlegende Problem geht und solche kleinen Details am Ende auch noch verändert werden können.
(Uberhänge gibts es nicht, da das Enzym HindIII ist, welches Blunt-End schneidet)
Ich habe die einzelnen Sequenzen im Array, das ist richtig, aber ich muss sie aus dem Array auslesen und das pro Schleifendurchlauf für die nächste. Deshalb @sequenz[$counter], weil der counter bei jeder schleife um eins hoch geht.