Solange aus der DB mehr gelesen als geschrieben wird, ist ein RAID 5 okay. Aber: Drei Spindeln, selbst mit 10k, und dann für System, DB und Logs ist echt mies. Chunksize ist wohl eher nicht das Problem, die IOs des SQL sind mit ziemlicher Sicherheit kleiner, als die Chunksize des Controllers, außer ihr habt daran rumgefummelt. Partition Alignment habt ihr auch nicht gemacht, oder?
Denk bitte daran, dass gerade DB Performance auch sehr viel mit IO Performance zu tun hat. Du kannst an RAM und Tabelle/ Indizies soviel rumoptimieren wie du willst, wenn von unten nix kommt.