Das Problem wird wahrscheinlich darin liegen, das der JAR-packager versucht, die Klassen gleich zu compilieren. Hast du in der Kommandozeile den Classpath nicht richtig gesetzt, wird Dir gesagt, das der Compiler die Klassendefinition nicht finden kann. Es kann aber auch sein, das du Klassen nicht mit eingebunden hast, die die gesamte Klassenstruktur braucht, der Compiler sucht in dem Moment nämlich nur im JAR-File oder im Installationspfad der VM. Ansonsten benutz doch Forte 4 Java (kannst du bei SUN runterladen), da gibts einen JAR-packager mit.
Ich hoffe, das hilft Dir ein wenig