Morgen erst mal!
gleich mal ne Frage vorweg: Was hast du für einstellungen im BIOS getroffen? Klingt fast so, als wäre die Bootreihenfolge auf A, C und das Primär zu bootende System IDE... dann findet er natürlich auch keine Platte am Controller (zumindest beim Booten, das erklärt auch, warum du die Platte mit der Boot-Disk ansprechen kannst). Check das mal. Sollte es daran liegen, das der WIn-Setup Probleme mit dem Controller hat, gäbe es einen Umständlicheren Weg, der aber auch funzen sollte:
1. IDE-Platte mit gleicher (oder größerer) Kapazität an das System hängen
2. Win98/WinME installieren
3. die SCSI-Treiber unter beiden Systemen einbinden
4. mit einem Tool wie Ghost, Partitionmagic, Drivecopy etc. die Partitionen auf die SCSI-Platte kopieren
5. Aktive Partition, Partitionsgröße, Platzverteilung anpassen
6. Bootreihenfolge etwa so: A, C, SCSI od. SCSI, A, C
das Primäre Bootsystem ist SCSI
hoffe ich konnte dir Helfen!