So hab mal ein bisschen experimentiert und damit hat es funktioniert
import sun.misc.BASE64Decoder;
import sun.misc.BASE64Encoder;
.......
//Input lesen
File datei = new File("c:\\temp\\input.pdf");
FileInputStream fis = new FileInputStream(datei);
byte[] temp = new byte[(int)datei.length()];
fis.read(temp,0,(int)datei.length());
//Konvertierung Input in Base64
String anhangb64 = new BASE64Encoder().encode(temp);
//Base64 decodieren
byte[] zielinhalt = new BASE64Decoder().decodeBuffer( anhangb64 );
//Output schreiben
FileOutputStream fos = new FileOutputStream(new File("c:\\temp\\output.pdf"));
fos.write(zielinhalt);
...
[/PHP]