Hallo,
das Problem ist in diesem Fall der Browser (lass mich raten, IE?). Der merkt sich nähmlich immer die Größe von bestimmten Fenstern und macht dann alle anderen auch so auf. Wenn ich zum Beispiel Seiten im neuem Fenster öffne, werden alle Seiten gleich groß geöffnet, es sei den, ich maximiere die direkt, dann wird der Rest auch maximiert geöffnet. Sorry für die stümperhafte Beschreibung, was der IE da so genau macht weiß ich auch nicht.
Wenn Du aber immer richtigen Fullscrenn haben willst, versuch es doch mal mit der OpenFullScreen(); Funktion vom IE ))
MfG Val