Da bis jetzt noch keine Antwort kam und auch noch keine Meldung, dass eine Hilfestellung nicht mehr notwendig sei, gebe ich nun meinen Senf dazu.
Ich habe bei einem meiner Projekte, welches mit Ordnerstruktur aufgebaut ist, 2 Masterseiten. Die zweite Masterseite gleicht der ersten, nur die Links wurden natürlich dementsprechend angepasst (!) - Ordnerstruktur (!!!)
Anstelle von z.B. "images/bild.jpg" lautet der Verweis nun "../images/bild.jpg"
Ich verwende also die 1. Masterpage für die Hauptebene, wo sich auch die Seite Index.aspx befindet. Die 2. Masterpage verwende ich für alle Seiten, die in einem Unterordner der 1. Ebene befinden.
Sollten Deine Unterverzeichnisse wieder Unterordner enthalten, so wäre die am leichtesten zu realisierende Lösung, dass Du auch für diese Ebene eine eigene Masterseite realisierst (Link wäre dann z.B. "../../images/bild.jpg")
Ich hoffe, dass der Text halbwegs verständlich ist und dass ich Dir einen Denkanstoss geben konnte.
LG Rainer