Schon mal die Standart Programme im abesicherten Modus durchlaufen lassen (Scandisk, Virenscanner, SpyBot o.ä.)?
Tritt das Problem auch im abgesicherten Modus auf?
Hast du über den msconfig Befehl mal deinen Autostart ausgemistet und nur das nötigste übrig gelassen? Wenn nein, alles ausschalten und dann nach und nach die Sachen wieder anschalten und schauen wann das Problem kommt. Kostet Zeit bringt aber häufig schon Abhilfe.
Ansonten mal mit Startprotokoll hochfahren und schauen ob er beim Booten voom BS irgendeinen Fehler hat.