Hiho!
Also Board, CPU und Speicher sind überhaupt kein Problem. Linux läuft auf fast allen Systemen, Windows eben nur auf x86. Also da kommst du mit allen handelsüblichen Teilen hin. Fesplatten ist auch egal, SCSI oder IDE läuft.
Erweiterungskarten sind so eine Sache, hier muss man etwas aufpassen. Die meisten Distributoren haben eine Kompatibilitätsliste, hier immer mal wieder rein schauen. CD/DVD-Rom, Raid oder ähnliches ist kein Act, aber TV-Karten, ISDN und auch GraKa würde ich aufpassen.
Ach ja, nicht zu vergessen externe Geräte per USB usw sind nicht immer ganz einfach in Betrieb zu nehmen, hier mangelt es oft an Treibern.
Hoffe das beantwortet deine Fragen...
Gruß,
King-Chaos