OK. Das hört sich dann also so an, als wäre dein "Plugin" ehr ein Java-Servlet (damit würde ich es machen)
Du hast ein hml-Formular, in dem du die Datei auswählen kannst, den Inhalt des Formulars schickst du an ein Servlet, das dann die Umwandlung der Datei in xml macht. Dann jagst du noch das xsl-Stylesheet drüber und gibst das Ergebnis an den Browser zurück.
Wenn man sich allerdings weder mit Servlets, noch mit XML noch mit Xml-Prozessoren in Java beschäftigt hat, ist das eine recht harte Nuss.
Ansätze zu Servlets findest du hier und alles über XML in Java findest du hier