wenn du damit durch die firewall(s) kommst, kannst du auch auf der 2000er workstation (statt am server) ein verzeichnis freigeben (im register sicherheit), dort die entsprechenden rechte vergeben, und das dann optional als netzlaufwerk mappen. dann kanst du mit simplen "copy"-aufrufen arbeiten.
ich hab leider aus deinen postings allerdings noch nicht herauslesen können, welche protokolle durch die firewalls durchgelassen werden. wenn du z.b. nur via SSH (läuft auf port 22) oder ähnlichem zugreifen kannst, lässt sich das nur mit proprietärer software lösen. FTP wäre im internen netz auch kein sicherheitsproblem, wenn die entsprechenden ftp-datenports offen sind oder passive mode verwendet wird.
eine batch-datei setzt allerdings eben voraus, dass die protokolle der entsprechenden anwendungen auch durch das netz durchschleusbar sind.
s'Amstel