prinzipiell würde ich, wenn die auswertungen als XLS ausgesendet und wieder eingesammelt werden, bei der excel-lösung bleiben, unterstützt von VBA.
pack alle auswertungsdateien in *ein* verzeichnis; dupletten kannst du ja manuell händisch durchnumerieren. lies dann alle dateien in dem einen verzeichnis aus; jede datei nach dem selben schema (unter der voraussetzung, dass die felder in jeder datei gleich befüllt sind).
du kannst dann mittels VBA die einzelnen dateien (workbooks), blätter (worksheets) und zellen (cells) auslesen und in deine haupt(sammel)datei einfügen. prinzipell würde ich das als ein grosses makro/prozedur implementieren, mit kleineren, spezialisierten subs.
poste halt mal etwas detaillierter, wie die auswertung in etwa aussehen (felder, blätter).
s'Amstel